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Date et heures Titre et intervenant Résumé

20 Octobre 

14h00-15h00

La valorisation de la recherche par le libre : pour quoi et comment faire ? Concepts et étude de cas

Luiz Villa

La Science Ouverte préconise un partage chaque fois plus important des résultats obtenus à travers la recherche publique. Mais c'est quoi le libre au juste ? Ce keynote propose de le démystifier et bien expliquer qu'Open-Source n'est pas Open-Bar. Cette présentation vous proposera un tour d'horizon du libre et un étude de cas du projet OwnTech, le premier projet Open-Hardware, Open-Software et Open-Data du CNRS.
 

20 Octobre 

15h00-15h30

 An Open source Flying Platform to Investigate Neuronal Correlates of Navigation in the Honey Bee (Apis mellifera) 

Benjamin Paffhausen

 

 

The honey bee (Apis mellifera) has long been a popular model in the search for neural correlates of complex behaviors and exhibits extraordinary navigational capabilities. However, the neural basis for bee navigation has not yet been explored under natural conditions. Here, we propose a novel methodology to record from the brain of a copter-mounted honey bee. This way, the animal experiences natural multimodal sensory inputs in a natural environment that is familiar to her. We have developed a miniaturized electrophysiology recording system which is able to record spikes in the presence of time-varying electric noise from the copter's motors and rotors, and devised an experimental procedure to record from mushroom body extrinsic neurons (MBENs). We analyze the resulting electrophysiological data combined with a reconstruction of the animal's visual perception and find that the neural activity of MBENs is linked to sharp turns, possibly related to the relative motion of visual features. This method is a significant technological step toward recording brain activity of navigating honey bees under natural conditions. 

20 Octobre 

16h00-16h30

 

The Virtual Reality Experimental Machine

Renaud Bastien

 

Virtual Reality (VR) is an illusion where individuals can move and interact with a computer-generated world. The creation of complex and dynamic environments is simplified so the perceptual system of each individual can be finely tuned. VR appears as a tool of choice for the future of behavioral studies in humans and animals. Using the versatility of those techniques and theoretical models, I propose a general framework to study perceptual interactions. I will show how to harness the potential of VR for the design of open automated experimental systems.

20 Octobre 

16h30-17h00

Système low-cost ZheoPS-RTK
(Z Positioning System - Real Time Kinematic)

Lionel Darras

 
Lors d’une étude géophysique dans le cadre d’une recherche archéologique ou géologique, connaitre la microtopographie de la zone étudiée permet de mieux traiter ou interpréter les mesures.
Certains milieux d’étude ne permettent hélas pas l’utilisation d’un GPS-RTK de précision centimétrique comme les milieux forestier, souterrain et urbain ; Sur ces sites, si le positionnement (X, Y) de chaque point de mesure est facilement réalisable localement de par l’utilisation de mètres rubans posés au sol, comment obtenir rapidement l’altitude Z de chaque point ?
Le système ZheoPS-RTK consiste à mesurer l’altitude Z d’un point avec une précision décimétrique en tout environnement.
Il s’appuie sur une carte Arduino et sur une mesure d’altitude par capteur barométrique, calibrée en temps-réel avec une correction calculée à partir d’une mesure en un point fixe d’altitude connue. Ce système peut se connecter aux instruments géophysiques pour synchroniser leur mesure à l’altitude du point de mesure Il peut aussi mesurer l’altitude de points ou de profils de manière autonome grâce à une application libre sur smartphone via Bluetooth.

20 Octobre 

17h00-17h30

Pépinières Numériques INRAE : Expérimenter avec le numérique

Berengere Dalmais

Le domaine du Numérique évolue vite et permet maintenant d'accéder à des technologies et outils à des coûts accessibles. Prototyper, réparer, concevoir deviennent à la portée du plus grand nombre. Afin d'exploiter ces possibilités pour la recherche scientifique, INRAE a développé un réseau permettant d'échanger, de tester et de se former autour de cette thématique. Depuis peu, 3 sites accueillent des espaces dotés d'outils numériques (Impression 3D, découpeuse laser, fraiseuse, atelier électronique, captation vidéo, ...). Ces espaces adossés à un site internet dédié (partage de fichiers 3D, évènements, formation, réservation) s'adresse à tous les personnels soucieux d'innover ou d'expérimenter dans des domaines allant de la formation, à la prévention, l’enseignement, l'atelier et le prototypage scientifique. Il garantit un accès aux outils numériques et un accompagnement pour les utiliser. Soucieux de participer à une Sciences ouverte, le réseau a pour but d'être complémentaire à ceux existant, de contribuer aux partages des données dans le respect de la propriété intellectuelle et d'échanger avec vous tous !

 

21 Octobre 

9h00-10h00

 

Microscopie tomographique diffractive : principes, mise en oeuvre et applications

Matthieu Debailleul

La microscopie de phase est une technique d'imagerie quantitative et sans marquage. La microscopie tomographique diffractive (MTD) en est une extension qui permet d'imager en 3D l'indice complexe d'un échantillon, c'est à dire l'absorption et l'indice de réfraction. C'est donc un mode d'imagerie complémentaire à la microscopie de fluorescence mais aussi une alternative pour les échantillons difficilement marquables ou simplement, pour les utilisateurs voulant éviter les problèmes liés à la fluorescence.

Nous présentons ici les principes de la MTD classique, ses limites, les solutions existantes et les évolutions possibles. Nous abordons également les points critiques concernant la partie expérimentale, les possibilités de monter ce système avec des composants standards et les solutions logicielles ouvertes mises en place.

 

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Pollen d'Helianthus tuberosus, cellules HEK293, pollen de perce neige

21 Octobre 

10h00-10h30

 

Imagerie cérébrale in-vivo des neurones impliqués dans la communication sexuelle chez la Drosophile.

Alexandre-Benois Roland

 

 

Les composés présents à la surface de la cuticule de la Drosophile, tel que des phéromones, véhiculent des informations permettant une communication entre conspécifiques. Leur quantité et leur composition peut varier en fonction de la journée, de l’expérience ou de l’état interne de l’animal. Alors que certains composés sont sex-spécifiques, d’autres sont communs aux deux sexes, et ce profil chimique permet une identification et une régulation des interactions sociales.

Le but de notre travail est de comprendre comment ces signaux chimiques sont intégrés, et d’identifier les régions du cerveau et les mécanismes moléculaires sous-jacents assurant aux animaux une capacité d’adaptation comportementale face à un conspécifique.

Ce projet nécessite de pouvoir mesurer l’activité cérébrale d’un animal vivant en temps réel lors de la présentation d’un stimulus, sous la forme de phéromones sexuelles venant contacter la patte de la Drosophile. Ainsi nous avons dû développer un prototype de tapis roulant entraîné par un moteur pas-à-pas et contrôlé par une carte Arduino, muni d’une interface graphique permettant de programmer le protocole de stimulation. Ce robot permet de délivrer précisément des stimuli en synchronisation avec l'acquisition des images par le microscope confocale, dans le but d’identifier les populations neuronales capables d’intégrer les signaux chimiques à la base de la communication sociale chez l’animal vivant.

 

21 Octobre 

11h00-11h30

Utilisation de produit Open Source pour le développement d'un instrument océanographique (IODA6000)

Carl Gojak

 Présentation d'un système embarqué sur une base de SBC (Single Board Computers) utilisant des outils Open Source (GNU Linux, GNU C/C++, Python, NodeJS, Java, etc...). Ce système permet la gestion matériel et l'acquisition de données d'un instrument sous-marin autonome dédié à la mesure de l'oxygène dissous dans le milieu entre 0 et 6000 mètres de profondeur (IODA6000).
 

21 Octobre 

11h30-12h00

 Programmation Arduino sur carte Adafruit Playground : de l'initiation au multi-tâche temps-réel

Nicolas Verrier - Olivier Haeberlé


Les cartes Arduino permettent une découverte rapide de la programmation sur système embarquée. En particulier, il existe maintenant de nombreuses cartes disposant de multiples capteurs intégrés. Parmi celles-ci, la famille Adafruit Playground est intéressante, car peu chère, et équipée de nombreux capteurs (boutons poussoir et interrupteur glissière, capteur de lumière, de température et de son, accéléromètre) mais aussi d’actionneurs (haut-parleur, leds NeoPixels), ainsi que d’entrées/sorties analogiques/numériques, PWM, UART et I2C.

Par contre, le système d’entrées/sorties par pastilles prévues pour pinces crocodiles peut-être rapidement limitant pour le prototypage.

Nous avons développé un système modulaire à base d’Adafruit Playground permettant le prototypage rapide de systèmes tels que des CANSAT, robots mobiles, ou l’étude de leurs sous-systèmes (voir Figure 1). Leur programmation peut se faire de manière très simple : boucle infini « à la Arduino », mais peut aller jusqu’à l’initiation à la programmation sur noyau multi-tâche temps-réel avec Free RTOS.

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Adafruit Playground avec connecteur d’extension, monté sur une carte hub, et avec une carte d’initiation (capteur de distance à ultra-son et afficheurs I2C)